小型生物顯微鏡在使用中不存在安裝和調試的問題。凡是出廠檢驗合格者均可投入使用。但是現代光學儀器本身的性能愈來愈高級，結構愈來愈復雜，備件愈來愈多。因此從采購訂貨到投入使用，存在著許多技術問題。這類高檔顯微鏡在使用過程中，根據不同目的，隨時調換各種部件，并且隨時調試其性能以期得到最佳效果。這就要求使用者具備基本的光學、機械學和電子控制的知識，以及顯微鏡技術包括染色技術的基礎知識。在本章中只講一般的最初步的知識。

       顯微鏡的工作環境

       現代大型光學顯微鏡都是用質地優良的光學器材、精密的機械裝置和靈敏的電子控制儀器組裝起來的高檔設備.因此顯微鏡在運輸、安裝、使用過程中，防止損壞昂貴的光學具組和精密的機械結構，以及干撓電子控制功能。其工作環境也必須符合這些要求。

       (一)工作室

       實驗室擁有較多的大型貴重顯微鏡時，可以集中于一套專設顯微鏡室。其余日常個人使用的小型顯微鏡可以分散在個人工作室中.光學顯微鏡室不能像電子顯微鏡室那樣，要求高標準的防震、防潮和防塵設施.但總還要避開市內繁華交通招致的地面強展動為好.防潮措施對顯微鏡的光具組具有頭等重要的意義。因為在潮濕環境中，光學玻璃表面可以生長每菌。它所分泌的鹽酸之類腐蝕性物質適成光具組的不叫修復的頂伍。在MIR的厲間中，不常用的備用物鏡、目鏡、投影器具、聚光鏡、棱鏡等光具一律放入玻璃干燥器中保存。并且在干燥器中放入足量的吸潮劑。

       顯微鏡室的地面不應蒸發水蒸氣.墻壁可以涂沫油漆以防掉落粉塵。但是在這種房間中，應有足量的吸潮物質。我顯微鏡室的地面采用當地出產的木紋石研磨板，墻壁涂油.但它的外間的墻壁是白灰粉刷的墻。經長期測試證明，在我們北方氣候條件下這樣的白灰墻的吸潮容量足夠大。

       顯微鏡室的地面應覆蓋地毯。因為在安裝調試以及更換附件過程中難于避免脫手掉落貴重部件.如果脫手掉落一只復消色差物鏡或棱鏡、光柵、濾光鏡，損失比起地毯要貴重得多。
顯微鏡室防塵的重要性不可忽視。塵埃中往往含有帶電粒子.例如通遼地區遼河流域的黃塵使夜間行人衣物相磨擦，招致頻發火花。這種塵埃進入電子顯徽鏡的電子槍中引起高壓電短路，可以引起可怕的后果。雖然對于光學顯微鏡沒有那么大的危險性，但粉塵足以造成成像光路的像散、畸變等等。灰塵過多可以形成傅里耶頻譜變換(fourier spec-trum transform)效應.防塵措施并不是易事.在一般條件下顯微鏡室的窗戶要嚴密，出入門扉應該是推拉屏風式的好一些。因為通常帶折葉的門是揚起粉塵飛舞的重要原因。當用力關門時使整個房間的空氣壓縮，而用力拉門時從窗縫吸入粉塵。但也要經常通風，否則易生霉菌。
 
       儀器附有精密電子計算機之類高檔靈敏設備時，顯微鏡室要有空調機保持溫度恒定。溫度劇變對于光學器具、電子設備、精密機件都會產生不利的影響。

       (二)安放位置

       高檔顯微鏡的安放位置最好選擇不受直射陽光照射，距離墻壁稍有間隔的角落.附有靈敏電子裝置的顯微鏡應安放在避開交流干撓的位置。帶有靈敏的光電感應設備的儀器注意防止自然光的干撓。熒光顯微鏡觀察、暗視野觀察、偏振光觀察、位相差觀察都得避免非相關光線的撓射(暗室中最好，可避免非相關光的撓射)。

       顯微鏡室之類的精密儀器室應與放置硫酸、鹽酸、硝酸、洗液等強力揮發腐蝕物的房間隔開，不要有任何通道。